Um 2400 vor Christus erste Besiedlung. Wechselnde Besiedlung unter anderem auch durch die Römer und später durch die Alemannen. Erste urkundliche Erwähnung im Jahr 761 in den Büchern des Kloster St Gallen als Zezinwilare. Zeitweise unter der Herrschaft von Freudenfels, sowie dem Kloster Einsiedeln.   

Kreuzungsbahnhof

Das Dorf liegt im Kanton Thurgau und ist Teil der Gemeinde Wagenhausen. Liegt an der Grenze zum Kanton Schaffhausen. Das Bahnhofsgebiet liegt 300 Meter neben dem Weiler Etzwilen. Das Dorf erlebte im Jahre 1873 wegen seiner Eigenschaft als Kreuzungsbahnhof eine Bedeutung als internationaler Bahnknotenpunkt. Der Bahn-Grenzverkehr wurde durch den Staatsvertrag zwischen der Schweiz und dem Grossherzogtum Baden geregelt. Dies war die Blütezeit des Bahnhof Etzwilen und es entstanden in Bahnhofnähe ein eigener Ortsteil mit Restaurant und einer Bahnarbeitersiedlung. Bis zum 1. Januar 1999 war im Bahnhof Etzwilen ein bedienter Schalter, ebenso wurde das Stellwerk lokal bedient. Danach wurde der Schalter geschlossen und die Bahnanlage ferngesteuert.  

In Etwilen kreuzen sich die Linien Schaffhausen – Kreuzlingen – Romanshorn sowie Winterthur – Singen. Die Strecken wurden am 17.7.1875 eröffnet durch die schweizerische Nordbahn (SNB). Nach deren Konkurs gingen die Strecken 1878 an die Nordostbahn (NOB) und schliesslich per 1.1.1902 zur SBB. Auf dem Bahnhof arbeiteten in er Blütezeit bis zu 50 Bahnangestellte in verschiedenen Berufen. 

Schleichender Niedergang

Am 31. Mai 1969 wurde der Personenverkehr durch einen Busbetrieb ersetzt.  Auf der nicht elektrifizierten Strecke Etzwilen – Singen (Grenzbahnhof Ramsen) verkehrte bis 1960 ein reger Güterverkehr. Dies brachte im Bahnhof Etzwilen einen regen Rangierverkehr mit sich und festigte seine Stellung als Rangierbahnhof. Der Güterverkehr wurde im Jahr 1996 eingestellt. Bis Ende 1998 verkehrten noch die Hupac-Züge (rollende Landstrasse mit Lastwagen) auf der von Realsingen nach Schaffhausen. Bei der Fertigstellung des Hupac-Terminal in Singen viel dieser Verkehr weg. Bis 2004 nutzte SBB Cargo die Strecke für Zuckerrübenzüge.  

Neue Nutzung der Strecke

Aktuell verkehren die Züge von Thurbo im Halbstundentakt; S 29 Winterthur – Stein am Rhein und S 1 Schaffhausen – Kreuzlingen – Romanshorn – St. Gallen.  Seit 31. Mai 2006 wird die Strecke durch die Stifftung Museumsbahn Stein am Rhein – Etzwilen – Hemmishofen – Ramsen & Rielasingen – Singen (SEHR & RS) betrieben. Der Verein fährt mit Dampfzügen und bietet Schienenvelofahren an. Auf der Strecke werden immer wieder Versuchsfahrten mit neuen Baumaschienen durchgeführt. Seit Herbst 2022 bis Sommer 2023 finden Versuchsfahrten mit den ersten Wasserstoffzug von Stadler Rail, dem Flirt H2 statt.  

Im Jahre 1873 wurde das Empfangsgebäude nach einem Entwurf des Architekten Conrad Bär gebaut. Conrad Bär war als Architekt für die Bahnhofbauten der NOB und Tösstalbahn zuständig und hat mehrere Bahnhöfe im gleichen Still gebaut. Das Stationsgebäude waren der Klasse II eingestuft. Die Seitenflügel waren zu Beginn 1. Stöckig gebaut worden. Erst im Jahre 1891 wurde das Gebäude aufgestockt. Seither ist der Bahnhof nicht verändert worden, was einen Seltenheitswert hat.  Das ganze Bahnhofgelände erscheint als geschlossene Einheit mit dem Bahnhof, Dienstgebäude, Lokremise (2ständig), Bahnmeistermagazin, Drehscheibe und den Abstellgeleisen mit 8 Geleisen. Da in der heutigen Zeit Bahnhöfe und Bahnanlagen schnell zurückgebaut und anders genutzt werden, ist es ein Glücksfall, dass das Ensemble als Einheit erhalten blieb. Dies ist sicherlich der Abgeschiedenheit in der ländlichen Gegend zuzuschreiben.  

Der Bahnhof Etzwilen ist beim Bund in der Liste von nationaler Bedeutung und seit dem 1.1.1984 bei der SBB als historischer Bahnhof im Inventar. Im Kanton Thurgau wurde der Bahnhof Etwilen im Jahre 1988 im Inventar als schutzwürdig zu finden und zu erhalten.